A alteração das taxas pode ser feita no sistema e você possui duas opções para aplicar essas alterações. 
A primeira é apenas salvar, assim as novas taxas serão aplicadas apenas para as novas vendas realizadas.
A segunda opção é o recálculo das taxas, que será aplicada em todas as vendas/parcelas.

Para alterar/atualizar as suas taxas acesse Gerencial > Formas de Recebimento:

 No menu lateral, clique em "Cartão de crédito" ou "débito" e depois em "Cadastro de cartões":

Siga com a atualização do cadastro das taxas de cartão e, se quiser recalcular todas as vendas, clique no botão vermelho "Recalcular Parcelamento e Tarifas":

Dica: temos um vídeo explicativo sobre como cadastrar contas bancárias e configurar as formas de recebimento, clique aqui para assistir.